微生物肥料的種類很多，目前一般將微生物肥料制品分為兩大類：一類是狹義的微生物肥料，指通過(guò)微生物的生命活動(dòng)，增加了植物營(yíng)養(yǎng)元素的供應(yīng)量，包括提高土壤和生產(chǎn)環(huán)境中植物營(yíng)養(yǎng)元素的供應(yīng)總量，致使植物營(yíng)養(yǎng)狀況的改善，進(jìn)而產(chǎn)量增加，這一類微生物肥料的代表品種是根瘤菌肥；另一類是廣義的微生物肥料，指通過(guò)其中的微生物的生命活動(dòng)，不但能提高植物營(yíng)養(yǎng)元素的供應(yīng)量，還能產(chǎn)生植物生長(zhǎng)激素，促進(jìn)植物對(duì)營(yíng)養(yǎng)元素的吸收利用或有拮抗某些病原微生物的致病作用，減輕農(nóng)作物病蟲(chóng)害而促進(jìn)作物產(chǎn)量的增加。
　　按微生物種類劃分
　　按微生物種類可分為五大類：①細(xì)菌類肥料(如根瘤菌肥、固氮菌肥、解磷菌肥、解鉀菌肥、光合菌肥)；②放線菌類肥料(如抗生菌肥)；③真菌類肥料(菌根真菌肥：包括外生菌根菌劑和內(nèi)生菌根菌劑)；④藻類肥料(如固氮藍(lán)藻菌肥)；⑤復(fù)合型微生物肥料，即肥料由兩種以上微生物按一定比例組合形成。
　　按作用特性劃分
　　按作用特性可分為兩類：
　　1、微生物接種劑
　　利用多孔的物質(zhì)作為吸附劑(如草炭)，吸附發(fā)酵液而制成菌劑。這種菌劑用于拌種或蘸根，一方面，肥料中的有益微生物通過(guò)其生命活動(dòng)增加植物營(yíng)養(yǎng)元素的供應(yīng)，改善植物根際微生態(tài)環(huán)境；另一方面，有益微生物可通過(guò)非特異性拮抗作用，在作物根面、根際與病原微生物形成空間競(jìng)爭(zhēng)，抑制或降低病蟲(chóng)害的發(fā)生頻率和危害程度，從而達(dá)到作物增產(chǎn)的目的。
　　2、復(fù)合微生物肥料
　　此類肥料屬于復(fù)混肥的范疇其復(fù)混內(nèi)容和形式比較多樣，包括多種微生物的組合、有益微生物與不同添加劑的組合等，其中添加劑包括有機(jī)物(畜禽糞便、革炭、褐煤等)、無(wú)機(jī)物(化肥、微量元素)等多種添加劑的復(fù)合制品。
　　按其功能和肥效劃分
　　按其功能和肥效可分為以下幾類：①增加土壤氮素和作物氮素營(yíng)養(yǎng)的菌肥，如根瘤菌肥、固氮菌肥、固氮藍(lán)藻肥等；②分解土壤有機(jī)質(zhì)的菌肥，如有機(jī)磷細(xì)菌肥料、綜合性菌肥；③分解土壤難溶性礦物質(zhì)的菌肥，如磷細(xì)菌肥料、鉀細(xì)菌菌肥、菌根真菌肥料；④刺激植物生長(zhǎng)的菌肥，如促生菌肥；⑤增加作物根系抗逆能力的菌肥，如抗生菌肥料、抗逆菌類肥料。從微生物肥料發(fā)展的趨勢(shì)來(lái)看，以復(fù)合微生物多功能、適應(yīng)能力強(qiáng)的生物制劑配合有機(jī)肥料生產(chǎn)的有機(jī)復(fù)合肥，或開(kāi)發(fā)多功能光合菌肥的市場(chǎng)前景更好。